במקומות מסוימים במקרא מסומנות נׄקׄוׄדׄוׄתׄ עיליות: עשרה בתורה (5 בבראשית, 4 בבמדבר ובפסוק אחד בדברים), ארבעה בנביאים ואחד בכתובים. נקודות אלו אינן שייכות למערכת הניקוד והטעמים.
בעולם העתיק שימשה כתיבת נקודות מעל אותיות או מתחתיהן ("puncta extraordinaria") שלושה תפקידים שונים:
1. מחיקה: במגילות ים המלח יש נקודות עיליות שנראה שמי שסימן אותן סבר שיש לבטל אותיות אלו שנכתבו בטעות (בין אם נכתבו על ידו, ובין אם מנקד הנקודות סבר שסופר אחר כתב אותיות אלו בטעות).
2. הבעת פקפוק והטלת ספק: פסקאות מפוקפקות בספרות היוונית או פסקאות שקריאתן מוטלת בספק צוינו בעזרת נקודות על ידי המדקדקים האלכסנדרונים הראשונים. מאוחר יותר בא במקום הנקודה סימן ה-διπλη.
3. סימן זה שימש גם להדגשת עניין מיוחד הדורש שימת לב. לדעת פילוסוף אלכסנדרוני בעת העתיקה, זוהי משמעות הנקודות בחומש בראשית מעל המילה "וַׄיִּׄשָּׁׄקֵׄהׄוּׄ": לא כדי לציין שאין לקרוא את המילה, אלא לרמוז לנו שנשיקת עשו הרשע ליעקב היתה בערמה (הרב פרופ' שאול ליברמן, יוונית ויוונות, עמ' 182–184).
בספרות חז"ל מצויות באופן מפורש שתי שיטות ביחס לנקודות מעל האותיות: השיטה השנייה והשלישית הנ"ל.
יש שראו בנקודות אלו תמרור ורמז על כך שמסתתר כאן רובד נוסף של פרשנות. כך מופיע בספרי במדבר (ט, י):
אוֹ בְדֶרֶךְ רְחוֹקָהׄ – נקוד על הה"א, אפילו בדרך קרובה והוא טמא לא היה עושה עמהם את הפסח [...] כיוצא בו: וְלֹא יָדַע בְּשִׁכְבָהּ וּבְקוּמָהּ, נקוד על וּבְקוּמָהּ לומר בשכבה לא ידע ובקומה ידע. כיוצא בו: וַׄיִּׄשָּׁׄקֵׄהׄוּׄ – שלא נשקו בכל לבו [...] כיוצא בו: וַיֵּלְכוּ אֶחָיו לִרְעוֹת אֶׄתׄ צֹאן אֲבִיהֶם, שלא הלכו אלא לרעות את עצמם.
עשר נקודות בתורה, אלו הן [...] הַנִּסְתָּרוֹת לה' אֱ-לֹהֵינוּ וְהַנִּגְלוֹת לָׄנׄוּׄ וּׄלְׄבָׄנֵׄיׄנׄוּׄ [עַׄד עוֹלָם] – נקוד על לָׄנׄוּׄ וּׄלְׄבָׄנֵׄיׄנׄוּׄ ועל ע' שבעַׄד; למה? אלא כך אמר עזרא: "אם יבא אליהו ויאמר לי 'מפני מה כתבת כך?', אומר אני לו: 'כבר נקדתי עליהן'; ואם אומֵר לי 'יפה כתבת!', אעביר נקודה מעליהן".
לאמר: הנקודות בספר התורה חודשו ע"י עזרא הסופר כפשרה באותם מקרים שנפלו ספקות בנוסח המקרא (אשר יתבררו רק לעתיד לבוא, כשאליהו הנביא יתיר את כל הספקות). וכן כתב החזקוני בפירושו לתורה (בראשית טז, ה):
כל תיבות נקודות שבתורה מסופקות היו בידו של עזרא הסופר, אמר: "אם יבא משה רבינו ואומֵר לי 'מפני מה כתבת את אלו?'', אומַר לו כבר נקדתי עליהם'; ואם אומֵר לי 'למה נקדת עליהם?', אומַר לו 'הרי לא מחקתים' ואעביר את הנקודות מעליהם".
בין חוקרי המקרא בעת החדשה אין תמימות דעים באשר לתפקיד כל הנקודות. לצד חוקרים הרואים בנקודות סימני מחיקה (למשל: עמנואל טוב, ביקורת נוסח המקרא, עמ' 44), יש הרואים בנקודות כתמרורים לפרשנות ייחודית, לפחות בחלק מהמקרים (כגון: ישראל ייבין, ערך "מסורה", בתוך אנציקלופדיה מקראית, עמ' 131).
במבוא למסורה של ביבלייה הבראיקה נכתב:
"Each of the explanations can account for one or more of the dotted words, but none of them can explain every occurrence... A tremendous amount of discussion has been devoted to unraveling the mystery of the extraordinary points. Perhaps this was simply a method by which the early scribes noted a variety of issues regarding the text. If this is so, the only thing the passages have in common is that there is some issue in each."
תרגום: "כל אחד מההסברים יכול להסביר אחת או יותר מהמילים המנוקדות, אבל אף אחד מהם לא יכול להסביר כל היקרות... כמות עצומה של דיונים הוקדשה לפיענוח המסתורין של הנקודות. אולי זו פשוט הייתה שיטה שבה הכותבים הראשונים ציינו מגוון סוגיות בנוגע לטקסט. אם זה כך, המכנה המשותף היחיד הוא שיש בעיה כלשהי בכל אחד מהם".
הצעה נוספת
ברצוני להציע השערה נוספת להסבר חלק מהמקרים של נקודות עיליות:
בארבעה מקרים יתכן שהנקודה העילית משמשת כמו העיגול של הערות המסורה (מהתקופה המאוחרת יותר, כמובן), לציון תופעות ייחודיות בכתיב של המילה המנוקדת (לעורר את שימת הלב של הלומדים, ובפרט הסופרים המעתיקים):
1. יִשְׁפֹּט ה' בֵּינִי וּבֵינֶיךָ. (בראשית טז ה)
ניסוח הערת המסורה ה"משוחזרת": ליתא מלא - כלומר, רק כאן מופיע צירוף זה בכתיב מלא - לעומת "בֵּינִי וּבֵינְךָ" המופיע פעמיים בספר בראשית בכתיב חסר (בראשית כג טו; לא מח; ועוד פעם שלישית בשמואל א כ כג).
2. וַתָּבֹא הַבְּכִירָה... וְלֹא יָדַע בְּשִׁכְבָהּ וּבְקוּמָהּ (בראשית יט לג)
ניסוח הערת המסורה ה"משוחזרת": ליתא מלא - כלומר, רק כאן מופיעה מילה זו בכתיב מלא, ובמיוחד בהשוואה לפסוק הסמוך באותה פרשה ("בעיניינה" כלשון בעלי המסורה, כלומר: בעניין שאנו עומדים בו) שהוא כתוב חסר: וַתָּקׇם הַצְּעִירָה... וְלֹא יָדַע בְּשִׁכְבָהּ וּבְקֻמָהּ (שם לה).
3. וְעִשָּׂרוֹן עִשָּׂרוֹן לַכֶּבֶשׂ הָאֶחָד (במדבר כט טו)
ניסוח הערת המסורה ה"משוחזרת": ליתא מלא - כלומר, רק כאן מופיע צירוף זה בכתיב מלא, ובמיוחד בהשוואה לצירוף זה הכתוב קודם לכן באותה פרשה ("בעיניינה") בכתיב חסר: וְעִשָּׂרֹן עִשָּׂרוֹן (במדבר כח יג).
4. אִישׁ אִישׁ כִּי יִהְיֶה טָמֵא לָנֶפֶשׁ אוֹ בְדֶרֶךְ רְחֹקָה לָכֶם אוֹ לְדֹרֹתֵיכֶם וְעָשָׂה פֶסַח לַה' (במדבר ט י)
ניסוח הערת המסורה ה"משוחזרת": ליתא - כלומר, זהו המקום היחיד במקרא שמופיע הצירוף "דֶרֶךְ רְחֹקָה", ובמיוחד בהשוואה לכתוב בהמשך הפרשה ("בעיניינה") בפסוק יג: וְהָאִישׁ אֲשֶׁר הוּא טָהוֹר וּבְדֶרֶךְ לֹא הָיָה וְחָדַל לַעֲשׂוֹת הַפֶּסַח... ולא כתוב: וּבְדֶרֶךְ רְחֹקָה לֹא הָיָה!
השווה לכאן את ה"קרי וכתיב המדומה" בלשונו של הרב מרדכי ברויאר ("קרי וכתיב", בתוך דעת מקרא דניאל, עמ' 138).
השבמחק