במקומות מסוימים במקרא מסומנות נׄקׄוׄדׄוׄתׄ עיליות: עשרה בתורה (5 בבראשית, 4 בבמדבר ובפסוק אחד בדברים), ארבעה בנביאים ואחד בכתובים. נקודות אלו אינן שייכות למערכת הניקוד והטעמים.
בעולם העתיק שימשה כתיבת נקודות מעל אותיות או מתחתיהן ("puncta extraordinaria") שלושה תפקידים שונים:
1. מחיקה: במגילות ים המלח יש נקודות עיליות שנראה שמי שסימן אותן סבר שיש לבטל אותיות אלו שנכתבו בטעות (בין אם נכתבו על ידו, ובין אם מנקד הנקודות סבר שסופר אחר כתב אותיות אלו בטעות).
2. הבעת פקפוק והטלת ספק: פסקאות מפוקפקות בספרות היוונית או פסקאות שקריאתן מוטלת בספק צוינו בעזרת נקודות על ידי המדקדקים האלכסנדרונים הראשונים. מאוחר יותר בא במקום הנקודה סימן ה-διπλη.
3. סימן זה שימש גם להדגשת עניין מיוחד הדורש שימת לב. לדעת פילוסוף אלכסנדרוני בעת העתיקה, זוהי משמעות הנקודות בחומש בראשית מעל המילה "וַׄיִּׄשָּׁׄקֵׄהׄוּׄ": לא כדי לציין שאין לקרוא את המילה, אלא לרמוז לנו שנשיקת עשו הרשע ליעקב היתה בערמה (הרב פרופ' שאול ליברמן, יוונית ויוונות, עמ' 182–184).
בספרות חז"ל מצויות באופן מפורש שתי שיטות ביחס לנקודות מעל האותיות: השיטה השנייה והשלישית הנ"ל.
יש שראו בנקודות אלו תמרור ורמז על כך שמסתתר כאן רובד נוסף של פרשנות. כך מופיע בספרי במדבר (ט, י):
אוֹ בְדֶרֶךְ רְחוֹקָהׄ – נקוד על הה"א, אפילו בדרך קרובה והוא טמא לא היה עושה עמהם את הפסח [...] כיוצא בו: וְלֹא יָדַע בְּשִׁכְבָהּ וּבְקוּמָהּ, נקוד על וּבְקוּמָהּ לומר בשכבה לא ידע ובקומה ידע. כיוצא בו: וַׄיִּׄשָּׁׄקֵׄהׄוּׄ – שלא נשקו בכל לבו [...] כיוצא בו: וַיֵּלְכוּ אֶחָיו לִרְעוֹת אֶׄתׄ צֹאן אֲבִיהֶם, שלא הלכו אלא לרעות את עצמם.
לעומת זאת, באבות דרבי נתן (לד, ה) מצויה הדעה שמטרת הנקודות להביע ספק:
עשר נקודות בתורה, אלו הן [...] הַנִּסְתָּרוֹת לה' אֱ-לֹהֵינוּ וְהַנִּגְלוֹת לָׄנׄוּׄ וּׄלְׄבָׄנֵׄיׄנׄוּׄ [עַׄד עוֹלָם] – נקוד על לָׄנׄוּׄ וּׄלְׄבָׄנֵׄיׄנׄוּׄ ועל ע' שבעַׄד; למה? אלא כך אמר עזרא: "אם יבא אליהו ויאמר לי 'מפני מה כתבת כך?', אומר אני לו: 'כבר נקדתי עליהן'; ואם אומֵר לי 'יפה כתבת!', אעביר נקודה מעליהן".
לאמר: הנקודות בספר התורה חודשו ע"י עזרא הסופר כפשרה באותם מקרים שנפלו ספקות בנוסח המקרא (אשר יתבררו רק לעתיד לבוא, כשאליהו הנביא יתיר את כל הספקות). וכן כתב החזקוני בפירושו לתורה (בראשית טז, ה):
כל תיבות נקודות שבתורה מסופקות היו בידו של עזרא הסופר, אמר: "אם יבא משה רבינו ואומֵר לי 'מפני מה כתבת את אלו?'', אומַר לו כבר נקדתי עליהם'; ואם אומֵר לי 'למה נקדת עליהם?', אומַר לו 'הרי לא מחקתים' ואעביר את הנקודות מעליהם".
תרגום: "כל אחד מההסברים יכול להסביר אחת או יותר מהמילים המנוקדות, אבל אף אחד מהם לא יכול להסביר כל היקרות... כמות עצומה של דיונים הוקדשה לפיענוח המסתורין של הנקודות. אולי זו פשוט הייתה שיטה שבה הכותבים הראשונים ציינו מגוון סוגיות בנוגע לטקסט. אם זה כך, המכנה המשותף היחיד הוא שיש בעיה כלשהי בכל אחד מהם".
